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viernes, 11 de noviembre de 2016


INFORMACIÓN BIOLÓGICA Y EPIGENÉTICA



¿Qué selecciona la selección natural? ¿Genotipos o fenotipos?


La selección natural

La selección natural es un concepto aparentemente fácil pero ha sufrido un frondoso crecimiento. Desde su formulación por Darwin, en “El origen de las especies”, este concepto ha sido objeto de gran controversia.
Sin realizar un abordaje prolijo, me interesa resaltar la diferencia fundamental entre la concepción de Darwin y la de muchos neodarwinistas.
Frecuentemente se critican aspectos de  la selección natural darwiniana –como el reduccionismo genético o el gradualismo- que o bien no estaban (ni podían estar) o bien no constituían los pilares fundamentales de su teoría evolutiva, aunque si constituyan los pilares de la teoría sintética que, nacida entre los años treinta y cuarenta del siglo XX, se ha constituido en una especie de albacea del darwinismo.
La teoría sintética propone un modelo centrado en la población como unidad evolutiva, y donde las únicas fuentes de variación recaen en la mutación y recombinación genéticas al azar. Es un modelo reduccionista, sobre todo en las versiones representadas por algunos genetistas de poblaciones matemáticos, que pone el foco de la evolución en la variación de las frecuencias alélicas de las poblaciones como resultado de la selección natural, entre otros factores. La selección natural constituiría el principal mecanismo que operaría sobre cambios genéticos graduales y lentos de los genotipos de las poblaciones. En esta formulación de la teoría sintética el genotipo (más aún, las frecuencias alélicas) es lo substantivo y el fenotipo queda postergado a un segundo e impreciso plano.
No obstante, Ernst Mayr, en el capítulo 9 de su libro “Una larga controversia: Darwin y el darwinismo”, nos dice -respecto a la teoría sintética o síntesis (de la que él es uno de los principales autores no genetistas)- que: “durante el periodo reduccionista de la genética matemática se ignoró la cohesión del genotipo que propuso Weismann” “En otras palabras, es el genotipo como un todo lo que responde a las fuerzas de la selección natural”.
Pero, en sentido contrario, Mayr también marca las diferencias con los ambientalistas al afirmar que: “Los naturalistas que hasta entonces no lo sabían aprendieron de los genetistas que la herencia siempre es dura, nunca blanda. No puede haber influencia del ambiente heredable, ni herencia de los caracteres adquiridos”. “Los naturalistas habían sido los más firmes defensores de la selección natural, pero al igual que Darwin, casi todos ellos tendieron a creer simultáneamente en la existencia de una cierta proporción de herencia blanda”.
Mayr, que representa una de las posiciones más equilibradas de la teoría sintética y más abierta a integrar nuevos hechos y teorías, también afirma: “La unificación de la biología evolutiva conseguida por la síntesis dibujó la escena a grandes rasgos: la evolución gradual se debe al ordenamiento por selección natural de la variación genética y todos los fenómenos evolutivos pueden explicarse en términos de mecanismos genéticos conocidos. Esto constituyó una simplificación extrema, teniendo en cuenta que los procesos en la biología de los organismos suelen ser muy complejos, implicando a menudo varios niveles jerárquicos y soluciones variadas”. “….los seguidores de la síntesis evolutiva….empezaron a resolver sus discrepancias…. entre las tendencias reduccionistas de los genetistas y los puntos de vista organicistas de los sistemáticos y los paleontólogos…”.
Pero lo que realmente ocurre es que, a pesar de los esfuerzos de Mayr, esta versión reduccionista de la síntesis, expuesta de forma matemática por algunos genetistas de poblaciones, aparece de hecho como su dogma fundamental.
Aún así, Mayr insiste en el capítulo 10: “los críticos han puesto objeciones continuamente a la afirmación de que la evolución darwiniana se debe a la selección de mutaciones al azar…..los biólogos que estudian organismos han considerado al individuo en su conjunto como el nivel de actuación de la selección y, por lo tanto, se ha considerado que la recombinación y la estructura del genotipo tienen una importancia mucho mayor que las mutaciones que ocurren en loci individuales”. Aunque más adelante reconoce que: “Para los genetistas, o al menos para aquellos influidos por Muller, Fisher y Haldane, el gen siguió siendo el nivel de actuación básico de la selección  y se consideraba que la mayoría de los genes tienen valores de aptitud (fitness) constantes”.
Mayr arremete incansablemente contra esta visión: “la creencia de algunos reduccionistas de que el papel de los genes se agota en la contribución de cada gen, básicamente de forma independiente, a algún aspecto concreto del fenotipo ignora el hecho de que el genotipo es un complejo sistema de interacciones”.
En este sentido, bajo el epígrafe Dominios del genotipo nos dice: “Hoy sabemos que hay diferentes clases de genes y que no solamente desempeñan papeles diferentes en la ontogenia sino también en la evolución. Además, algunos genes parecen estar agrupados en unidades funcionales y parecen controlar el desarrollo como tales unidades. Aparentemente, representan dominios bien definidos que otorgan una estructura jerárquica al genotipo. La existencia de tales dominios no está necesariamente en conflicto con la segregación mendeliana. Aún no se ha comprendido cómo se consigue la conservación de tales dominios en el desarrollo y en la evolución, aunque el descubrimiento de la presencia muy extendida (desde las levaduras a los mamíferos) de homeoboxes (Robertson, 1985) y el estudio de grupos completos de genes inmunitarios han abierto algunas posibilidades”.
En mi opinión, la segregación mendeliana de los genes en los cromosomas responde básicamente al fenómeno citológico de la meiosis, mientras que los dominios del genotipo están relacionados con las redes de interacciones proteicas implicadas en determinados sistemas funcionales de las células y de los individuos pluricelulares. Aún más, para el paradigma proteocéntrico la importancia de los genes relacionados con el control del plan corporal u homeoboxes –que no presentan ninguna característica genética distintiva respecto a los denominados genes estructurales- radica en las proteínas que codifican y en la secuencia espaciotemporal de interacciones que estas proteínas establecen durante el desarrollo. Quizá la diferencia esté en la posible flexibilidad o plasticidad de las proteínas relacionadas con uno u otro tipo de genes: menos flexibles para los estructurales y más flexibles para los reguladores, donde la interacción entre proteínas y estos genes está sometida a mayores variaciones ambientales, tanto internas como externas.


Sobre el uso, desuso y herencia de los caracteres adquiridos

Como ya hemos visto en entradas anteriores, la herencia genética implica la transmisión de ADN que contiene información secuencial, y que ésta condiciona más o menos la información conformacional. Pero en todos los niveles biológicos (proteico, celular y pluricelular) se da cierta plasticidad frente al ambiente, como la que hace que, bajo determinadas circunstancias, en las proteínas no se manifiesten mutaciones -ya que la coherencia estructural y funcional de las proteínas impone las conformaciones anteriores, con la ayuda de proteínas de choque térmico o de estrés (HSPs) que actúan como “capacitors” (condensadores o almacenadores de mutaciones)- hasta llegar a un periodo de cambio ambiental drástico (estrés) donde todas las mutaciones almacenadas se expresen a la vez.
Así, durante el periodo de equilibrio (estasis) se podría decir que el efecto del “uso” (el fenotipo tensado al máximo) se manifestaba y “heredaba”, ya que lo que se heredaba era un ambiente molecular determinado y la conformación correspondiente de las proteínas, que se mantenía en un determinado tipo coherente con él. Esto constituiría un carácter adquirido, no genético, dentro de los límites de la plasticidad fenotípica, en este caso proteica, frente a determinadas condiciones ambientales perdurables.
Se suele poner como ejemplo de la no herencia de los caracteres adquiridos, cómo la adquisición de una gran musculatura en un gimnasio no determina que los hijos desarrollen esos músculos. Pero también podríamos poner el ejemplo de mineros que desarrollan musculatura de mineros, y cuyos descendientes “heredan” la condición de mineros durante varias generaciones, con todas sus consecuencias.

Estas ideas ya estaban presentes de alguna manera en Darwin, como afirma Ernst Mayr en el capítulo 8 del libro citado anteriormente: “Darwin hace no menos de tres grupos de concesiones a la posibilidad de que el ambiente, en el más amplio sentido de la palabra, pueda inducir variación genética y de que los caracteres adquiridos puedan heredarse. Primero, especuló sobre el efecto directo del ambiente en ciertas estructuras; segundo, emitió hipótesis sobre el efecto indirecto del ambiente en el aumento de la variabilidad; y tercero, discutió los efectos del uso y de la falta de uso…”
“La tesis principal de Darwin era que el cambio evolutivo se debe a la producción de variación en una población y a la supervivencia y éxito reproductivo [selección natural y selección sexual] de algunas de esas variantes. Darwin consideraba que la variación era un fenómeno intermitente, que ocurría fundamentalmente en circunstancias especiales. Sin embargo, estaba bastante convencido de que en la naturaleza hay una inmensa reserva de variación que está siempre disponible como material para la selección”.
También conviene recordar que, fundamentalmente, Darwin adoptó el gradualismo como postura de oposición frente al catastrofismo creacionista, pero sus consideraciones sobre la variación como fenómeno intermitente, recuerdan más a la teoría evolucionista de los equilibrios intermitentes de Gould y Eldredge que a la teoría sintética. Él no puede hablar de variacionismo gradualista genético y, sin citar el término fenotipo, siempre se refiere de hecho a características fenotípicas de los organismos. No hay que identificar a Darwin de forma simplista con la teoría sintética –ni siquiera con la versión menos reduccionista de Mayr- él sólo habla de “una fuente inagotable de variabilidad” y de “selección natural” como reproducción diferencial de los individuos de una especie, no como mecanismo generador de cambios.

Así, en el comienzo del capítulo VI de “El origen de las especies por selección natural” Darwin se plantea algunas dificultades y objeciones sobre su teoría. En el primer grupo de éstas, aborda sus dudas sobre el gradualismo: “Si las especies han descendido por grados de otras especies, ¿por qué no encontramos en todas partes innumerables formas de transición? ¿Por qué no está toda la naturaleza confusa, en lugar de estar las especies bien definidas según las vemos?
Por otra parte, en el capítulo IV (Selección natural o la supervivencia de los más adecuados) nos dice: “Verdaderamente puede decirse que, en domesticidad, todo el organismo se hace plástico en alguna medida. Pero la variabilidad que encontramos casi universalmente en nuestras producciones domésticas no está producida directamente por el hombre…..; el hombre no puede crear variedades ni impedir su aparición; puede únicamente conservar y acumular aquellas que aparezcan……; pero cambios semejantes de condiciones pueden ocurrir, y ocurren, en la naturaleza. Tengamos también presente cuán infinitamente complejas y rigurosamente adaptadas son las relaciones de todos los seres orgánicos entre sí y con condiciones físicas de vida, y, en consecuencia, qué infinitamente variadas diversidades de estructura serían útiles a cada ser en condiciones cambiantes de vida”. “Si esto ocurre, ¿podemos dudar –recordando que nacen muchos más individuos de los que acaso pueden sobrevivir- que los individuos que tienen ventaja, por ligera que sea, sobre otros tendrían más probabilidades de sobrevivir y procrear su especie? A esta conservación de las diferencias y variaciones individualmente favorables y la destrucción de las que son perjudiciales, la he llamado yo selección natural o supervivencia de los más adecuados.”
Más adelante, Darwin vuelve a subrayar el carácter conservador y acumulador –y no generador directo de variaciones- de la selección natural, merced a la reproducción diferencial de los individuos de una especie que presentan los fenotipos más adecuados: “Varios autores han interpretado mal o puesto reparos a la expresión selección natural. Algunos hasta han imaginado que la selección natural produce la variabilidad, siendo así que implica solamente la conservación de las variedades que aparecen y son beneficiosas al ser en sus condiciones de vida”.

Para terminar este apartado vamos a comparar dos casos diferentes de herencia ovina.
El primer caso aparece frecuentemente en los libros de texto como ejemplo explicativo de la teoría sintética. Se trata del nacimiento súbito de un carnero con patas cortas y torcidas. Este carnero, que probablemente no habría dejado descendencia por selección natural, fue objeto de selección artificial con el propósito, beneficioso para el granjero, de criarlos en cercados con vallas más bajas. Del cruce de este carnero con una oveja normal se transmitió la mutación y lograron dos crías con patas cortas y torcidas. Seleccionando sucesivamente carneros y ovejas de patas cortas y torcidas se logró una raza pura de ovejas de patas cortas, donde todo el rebaño tenía esta mutación dominante.
Aquí estamos ante un caso sencillo de herencia mendeliana clásica.
El segundo caso es más complejo y desconcertante para la concepción clásica de la herencia (ver Temas 81 de Investigación y Ciencia: Epigenética, pg 44). En resumen: “Hace veinte años nació Oro Macizo, un carnero singular que, en virtud de una mutación en el cromosoma 18, presentaba unas ancas poderosas. Oro Macizo transmitió este rasgo a la mitad de la descendencia, de acuerdo con el patrón típico de un gen dominante. En generaciones posteriores, sin embargo, se observó que los individuos que heredaban la mutación de la madre mostraban un aspecto normal, incluso cuando le acompañara la mutación del padre. A causa de los efectos epigenéticos, los únicos corderos que desarrollan ancas robustas son los que reciben una sola copia de la mutación y ésta proceda del padre”. Esta peculiar herencia implica: un gen codificador de proteína, uno o más genes de solo ARN, dos efectos epigenéticos y una pequeña mutación muy alejada de los otros genes. Además podría haber impronta genómica en la genealogía. Toda esta complejidad parece muy alejada de una simple variación de las frecuencias alélicas, ¿no?


Evolución modular y plasticidad fenotípica


Forma y variación

¿Puede haber una síntesis entre esencialismo y variacionismo? ¿La síntesis tiene que incluir la teoría de niveles de integración y la contingencia?
En la forma, ¿qué es lo contingente y qué lo seleccionado?
¿Tenemos en la multiplicidad innúmera (unicidad de lo vivo) unas pocas formas básicas que edifican modularmente estructuras más complejas, donde las pequeñas variaciones son casuales?

Posiblemente las respuestas se orienten en el sentido de que:
1.    Cuanto más elemental sea el nivel de integración energético-material más deterministas serán sus posibilidades de interacción y los posibles caminos a seguir, esto es se reduce la contingencia.
2.    Al llegar a lo protobiótico, es decir a las proteínas, tenemos:
a) Las formas (conformaciones) básicas de las proteínas.
b)   Las interacciones, condicionadas por las formas, por la información posicional y por la contingencia medioambiental, que aquí se va ampliando.
Este juego va generando nuevas estructuras, es decir, nueva información biológica, en forma de patrones epigenéticos. La epigenética implica el manejo modular de los genes: cuáles se usan y en qué orden. En este sentido, resulta muy interesante el hecho de que el 88% de los polimorfismos de un solo nucleótido (single nucleotide polymorphism, SNP), que están asociados a un determinado fenotipo, se encuentran en regiones no codificantes como intrones y regiones intergénicas. Esto es un gran golpe a la teoría sintética, ya que estas mutaciones no tienen que ver con la variabilidad de la información genética sino con su manejo por proteínas, con efectos epigenéticos.
De nivel en nivel (y también en el aumento de complejidad de cada nivel) las variaciones de forma se construyen con los elementos modulares formales del nivel inferior (que una vez experimentados se fijan), de manera que estos módulos (estructurales y/o funcionales), una vez fijados, permiten los cambios experimentales nuevos, sujetos a la contingencia de cada momento. Es decir, paulatinamente, se va tejiendo una jerarquía de posición y de interacción.

La selección natural actúa sobre los fenotipos (proteico, celular, pluricelular) resultantes de todas estas fuentes de variación, según sea su papel en la supervivencia. Además, como ya hemos visto, el fenotipo proteico está muy condicionado por las proteínas implicadas en la regulación y propagación de sus conformaciones (HSPs, priones y quizá otras). La actuación de estas proteínas tiene que ver con el ambiente (por ejemplo situaciones de estrés). Así, estas proteínas pasan en cada división celular somática a las células hijas, proporcionando información conformacional y posicional de la peripecia vital anterior. Estas células somáticas tendrán el genoma heredado de sus progenitores y los cambios fenotípicos proteicos adquiridos en su respuesta al ambiente.
Como ya hemos visto, aunque a lo largo del tiempo se acumulen mutaciones en la línea germinal, el fenotipo tiende a mantenerse estable (periodo de estasis) regulado por HSPs, hasta que, en condiciones de estrés, las HSPs liberen estas mutaciones (periodo de evolución rápida), lo que implicaría el cambio genotípico y la especiación.
Estos mecanismos moleculares propician la integración, no ecléctica, de tres de las principales teorías evolucionistas neodarwinistas, que responden a diferentes aspectos de la realidad: las mutaciones se irían acumulando gradualmente en el ADN (gradualismo) pero, controladas por las HSPs, no se manifestarían fenotípicamente (neutralismo) y el cambio fenotípico, con implicaciones macroevolutivas, se manifestaría en condiciones de estrés, y sería saltacionista (equilibrios intermitentes).


Teoría de los niveles de integración y evolución modular

La teoría de niveles se opone a la concepción de evolución gradual al azar. En el surgimiento de cada nuevo nivel se produce un salto cualitativo donde se fijan, se automatizan, las conquistas del nivel anterior y, posteriormente, se experimenta con ellas (evolución “chapucera” o thinker, en vez de nuevo diseño): dominios proteicos y exones, unidades funcionales animales, evolución humana e información, etc. Cada nuevo nivel de integración, o incluso de complejidad (p.e. tejidos, órganos, etc.), se eleva sobre lo anterior, no parte de cero, no es el resultado de la mera acumulación de cambios en el ADN (aunque esté el ADN).

Cada conquista nueva surge de la evolución modular de lo anterior. De esta forma, como en la evolución cultural humana, el despliegue evolutivo es cada vez más rápido, ya que nunca se parte de cero. Eso sería como si a un hombre analfabeto le diéramos una máquina de escribir y pretendiéramos que, tecleando al azar, escribiera un texto coherente, y no digamos el Quijote. Para lo primero hace falta  determinada instrucción en las conquistas culturales de la especie humana, y para lo segundo un proceso único y contingente como el que vivió Cervantes.
En esta evolución articulada por módulos de conquistas previas hay que distinguir muy bien los agentes de los instrumentos.
De nivel en nivel, desde lo inorgánico a lo vivo, las interacciones dan formas (y estas son información de las nuevas interacciones) que pueden reducirse a unas pocas esenciales. Sabemos que, por ejemplo, es imposible conseguir una forma viva compleja, desde lo inorgánico, a partir de interacciones al azar de partículas subatómicas. Pero también sabemos que es posible si consideramos la perspectiva evolucionista de los niveles de integración-complejidad (genuinos niveles de información): partículas subatómicas, átomos, moléculas, células, individuos pluricelulares.

La información que “circula” por los distintos niveles de un ser vivo complejo (p.e. un animal) no puede limitarse al ADN, ni siquiera a la información conformacional. El ser vivo y su ambiente es un todo informativo.
En este sentido, el objetivo de la proteómica debe ser desentrañar las interacciones de los complejos puzzles proteicos, su jerarquía, su naturaleza y su evolución. Actualmente no podemos conformarnos con descripciones del tipo: el gen responsable, el gen implicado, etc. No podemos contemplar la “expresión génica” como palomitas de maiz saltando en una sartén, hay que conocer el complejo proceso de las interacciones proteicas.
La evolución articulada de niveles de complejidad supera la concepción azarosa de la mutación, pero no es teleológica: sólo se apoya en las conquistas previas.
La selección natural y la sexual son importantes, no obstante, para seleccionar los individuos que, de generación en generación, transmiten su patrimonio hereditario (genético y epigenético). Pero la selección natural es también el mecanismo moldeador que hace (en todos los niveles de ser vivo) que las características somáticas estén tensadas al máximo en un abanico de fenotipos, aunque no parece ser la responsable de los grandes cambios tipológicos. Está claro que no se puede llamar fenotipo a un chichón, pero tampoco a las amputaciones de las colas de varias generaciones de ratones, como hizo Weismann para ridiculizar la teoría de la herencia de los caracteres adquiridos. El fenotipo es cambiante y tiene un marcado carácter temporal, sobre todo si tiene muchas influencias ambientales
Al estudiar un proceso o una estructura hay que distinguir bien qué aporta cada parte. Por ejemplo, ante la observación de un panal de abejas podemos pensar en las abejas calculando la forma hexagonal de las celdillas, o suponer que un determinado gen o conjunto de genes es el responsable de un comportamiento instintivo que se manifiesta en la construcción del panal con celdillas exactamente hexagonales. Pero también podemos comprobar cómo las gotas de cera (como cualquier gota) tiende a adoptar una forma esférica, y cómo formas esféricas agrupadas estrechamente tienden a adoptar formas hexagonales. Vemos aquí cómo la información estructural circula libremente: dadas unas condiciones iniciales, dada una forma.

Como la macroevolución es modular (módulos proteicos, módulos genéticos, etc.), y estos módulos estan conservados estructuralmente, los patrones conformacionales básicos de las proteínas (módulos proteicos) son independientes de (y anteriores a) la variación secuencial producida en los procesos de generación de diversidad genética. Pero los cambios de especificidad fina de las proteínas deben darse dentro del marco restrictivo de las conformaciones básicas, con las que dichos cambios deben ser permisivos. Además, las HSPs como “capacitors” regulan las conformaciones en el contexto de la interacción entre proteínas. Una proteína puede tener una determinada conformación sola (en libertad) y otras en interacción con otras proteínas (al igual que ya hemos visto que ocurre con las gotas). En definitiva, la conformación es relativamente independiente de la secuencia.

El ser vivo mantiene su independencia activamente (se mantiene vivo) alejándose del estado estacionario. Para ello realiza y despliega variantes de las funciones vitales. En el despliegue de estas variantes plantea una estrategia de duplicación de módulos genéticos que sirven para la ordenación y relación espaciotemporal de funciones (algo así como un programa informático general de diseño), que puede servir para distintos diseños. Las “pinceladas finas” van respondiendo a las variaciones ambientales, pero sin modificar el programa general.

En resumen, debe haber programas generales de diseño (como los genes Hox) que respondan a las distintas jerarquías de seres vivos (taxones). Estos bauplanes responderían, así, a una concepción esencialista y saltacionista. Por otra parte, dentro de estos tipos generales se despliegan multitud de formas diferentes (específicas) que obedecen a una concepción variacionista gradualista. Todos los niveles de integración biológicos están perfectamente trabados por la coherencia del cambio evolutivo.


Entre la genética y la “necesidad” fisiológica

Hemos visto que las proteínas que forman parte de las máquinas proteicas no disponen de espacios libres en su superficie para nuevas interacciones con otras proteínas. En coherencia con ello, cualquier variación en un gen de estas proteínas, que tuviera un efecto estructural-funcional en ellas, tendría que venir armonizada por una constelación de variaciones en los genes de otras proteínas de las máquinas, para que la funcionalidad conformacional global no se pierda.
La otra alternativa es la ya citada contención y acumulación de mutaciones, llevada a cabo por HSPs y priones, mientras las máquinas sigan funcionando ante un ambiente coherente y estable.


Perspectiva sistémica del cambio genético

Esta perspectiva sistémica del cambio genético afecta profundamente a la concepción genética clásica del modelo evolutivo neodarwinista, centrado en el gen y en las frecuencias de las mutaciones génicas.
En este sentido, los genes Hox y otros sistemas genéticos, implicados en el desarrollo de las formas y funciones animales, nos dan un poco la clave del problema de la forma y su relación con la genética.
Los genes Hox (y otros similares) dan sólo la pauta general segmental (a modo de programas generales de diseño). Pero es que los denominados genes down-stream también son muy parecidos (tienen que serlo ya que van a originar proteínas similares). La similitud de estas proteínas está mucho más acentuada a nivel estructural, y las diferencias interespecíficas pueden afectar a las interacciones de estas proteínas en las complejas máquinas y factorías que integran.
Así, el manejo de los genes Hox y otros sistemas genéticos se basa en la afinidad de la interacción de las proteínas que los regulan con las respectivas porciones de ADN que son sus ligandos. La afinidad de la interacción radica en la información conformacional de las proteínas, como podría esperarse si éstas fuesen las que llevasen la batuta de los procesos supramoleculares.
Además, parece que la afinidad de la interacción depende de otras proteínas que podrían actuar como “mandos de volumen celular o sintonizadores”, publicado por el grupo de Víctor Muñoz (Science, 13 de diciembre de 2002). Todo esto abunda en la idea de la primacía de la información conformacional en la relación entre genotipo y fenotipo.
No es ya que muchas proteínas (“expresión del genotipo”) tengan más de una conformación y más de un estado funcional, pasando de forma discreta (encendido y apagado) de uno a otro bajo la influencia ambiental; sino que ahora nos encontramos frente a toda una serie de posibilidades intermedias. Cada una de estas variantes somáticas fenotípicas no responde a un alelo distinto, son variantes estructurales y funcionales de la misma secuencia de aminoácidos frente a variaciones ambientales (pH, temperatura, concentración de metabolitos, interacciones entre proteínas, etc.).
Así, en las interacciones entre proteínas (“máquinas proteicas”) la conformación y el estado funcional de cada proteína debe repercutir en la conformación y estado funcional de todas las demás, según sea su posición y papel en el conjunto de máquinas.
Esta explosión de variabilidad fenotípica emana de la plasticidad conformacional y funcional implícita en las interacciones entre las proteínas y su ambiente, en una suerte de ecología molecular.



La información biológica


Información genética e información estructural

En la penúltima entrada concluíamos con la idea de que la genética debería rendirse a la evidencia de que los organismos vivos tienen muchos menos genes que mensajes biológicos –y no sólo por la amplificación informativa de algunos mecanismos sobre el ARN mensajero, como el corte y empalme alternativo y la edición de ARN, entre otros- sino que, además, estos mensajes tienen otra naturaleza que la mera relación secuencial entre ADN y proteínas.
En este sentido, en su tratado de Genética (2008), Griffiths, Wessler, Lewontin y Carroll, al tratar de los genes, el ambiente y el organismo, plantean tres modelos de herencia y de desarrollo del organismo:
·      “Modelo I. Determinación genética. La posibilidad de gran parte de la genética experimental depende del hecho de que muchas diferencias fenotípicas entre individuos mutantes y de tipo salvaje que resultan de diferencias alélicas son insensibles a las condiciones ambientales. Por ejemplo en la anemia falciforme. Es el modelo inicial de la Genética”.
·      “Modelo II. Determinación ambiental. En este modelo los genes inciden en el sistema para darle ciertas señales generales para el desarrollo, pero es el medio ambiente el que determina el curso real de la acción. Por ejemplo, dos gemelos monocigóticos educados en dos países muy distintos, China y Hungría, adquirirán costumbres, idioma y valores culturales muy distintos”.
·      “Modelo III. Interacción genotipo-ambiente. Para un organismo es importante no sólo qué ambientes encuentra, sino en qué orden se los encuentra. Una mosca de la fruta (D. Melanogaster) se desarrolla normalmente a 25º C. Si la temperatura se eleva hasta 37º C durante un breve periodo de tiempo en la etapa inicial de su desarrollo de pupa, algunas de las moscas adultas carecen de parte del patrón normal de venas de sus alas. Sin embargo, si este choque térmico se administra sólo 24 horas después, la mosca desarrolla el patrón normal de las venas. En un sentido biológico, los individuos sólo heredan las estructuras moleculares del cigoto a partir de las cuales se desarrollan. Los individuos heredan sus genes, no los resultados finales de su desarrollo histórico particular”.
“Así, esperamos variaciones aleatorias en rasgos fenotípicos tales como el número de células del ojo, el número de cabellos, la forma exacta de pequeños caracteres o las conexiones de las neuronas en un sistema nervioso central muy complejo, aún cuando el genotipo y el ambiente estén alejados de forma precisa. Los acontecimientos aleatorios durante el desarrollo conducen a una variación en el fenotipo que se denomina ruido del desarrollo (contingencia)”.

Para el paradigma proteocéntrico, más que interacciones entre genotipo y medio ambiente se dan interacciones entre proteínas y medio ambiente. Así, cada “mensaje”, digamos mejor este tipo de información biológica, es el resultado de las interacciones proteína-proteína (rutas de interacciones conformacionales y máquinas proteicas) y proteína-ligando (incluidos el ADN y el ARN como ligandos) en forma de ecología molecular.
También decíamos que, desde una perspectiva de niveles de integración, conviene distinguir tres niveles de desarrollo y tres niveles de fenotipo: proteico (tanto secuencial como conformacional), celular y pluricelular.
En estos niveles, según sean más determinados genéticamente o más abiertos a alternativas celulares más complejas, deben actuar proteínas con menor o mayor plasticidad conformacional: tipo llave-cerradura, ajuste inducido, proteínas alostéricas, chaperones, priones).

En este sentido, la información genética secuencial atendería a las conformaciones de los módulos proteicos, seleccionados básicamente en una primera etapa evolutiva y, así, presentes en todos los seres vivos. Por otra parte, la denominada epigenética respondería a la información y herencia relativa a la evolución singular de los seres vivos de los niveles celular y pluricelular, que comprende los cambios heredables de la expresión génica o del fenotipo sin que se produzcan cambios en las secuencias de ADN. La epigenética es claramente información estructural, mientras que la genética lo es indirectamente, ya que los genes serían los depositarios secuenciales de la información estructural de las proteínas.
Bajo la denominación epigenética se incluyen dos significados distintos:
·      Epigenética, sensu estricto, sobre el genoma, como información almacenada en las proteínas y metabolitos que se unen al ADN en un proceso selectivo de la utilización de su información genética.
·      “Epigenética”, sensu lato, como información sobre procesos celulares, que constituiría una suerte de herencia estructural y fisiológica, como ya hemos visto en algunos procesos inmunológicos, o como, por ejemplo, se cita en la pg. 667 del Molecular Biology of the Cell (Alberts, 2002): “Un nuevo RE no puede ser hecho sin otro preexistente. La información requerida para construir un orgánulo de membrana no reside exclusivamente en el ADN que especifica las proteínas del orgánulo. También se requiere información epigenética en forma de alguna proteína que preexista en el orgánulo. Tal información es esencial para la propagación de la organización compartimental celular”.

Realmente, esto es pura información estructural y supondría admitir cierta herencia de caracteres adquiridos somáticos, al menos a nivel celular. En cualquier caso, como ya hemos visto, hay que admitir una especie de herencia medioambiental que marca una coherencia de información epigenética y de la consiguiente herencia epigenética.
A mi juicio, la epigenética debe desentrañar qué genes se expresan en cada momento (el denominado patrón epigenético) controlados por proteínas que los marcan de diferentes maneras según las circunstancias medioambientales.

En los organismos que sobreviven hasta dejar descendencia, ésta hereda las características secuenciales, conformacionales y posicionales de las proteínas, y también las características epigenéticas de otras estructuras celulares de sus progenitores.
Además de la coherencia interna de cada uno de los niveles biológicos, y de su información intrínseca, hay que prestar atención a la coherencia entre cada nivel y su medio ambiente; determinantes ambas coherencias, interna y externa, de la evolución particular de cada organismo.
Es decir, en general, las interacciones entre cada nivel de ser vivo y su medio ambiente van tejiendo una red de relaciones causales y contingentes, auténtica información estructural epigenética, cuya coherencia histórica constituye el polo externo de la herencia biológica sobre la que opera la selección natural.
Desde esta perspectiva, parece claro que la selección natural actúa sobre organismos distinguibles por un conjunto de caracteres fenotípicos, basados en interacciones proteicas, que tienen un substrato heredable, tanto secuencial (genético) como estructural (epigenético).
Esta información biológica estructural heredable, fundamentada en las proteínas, ha debido propagarse de forma continua desde el origen de la vida hasta la actualidad, y constituye el núcleo central del paradigma proteocéntrico.



domingo, 12 de junio de 2016

PRIONES-CONFORMONES Y EVOLUCIÓN BIOLÓGICA


Priones-conformones y evolución prebiótica

En coherencia con lo expuesto hasta ahora, relativo al paradigma proteocéntrico, la información biológica conformacional debe aparecer ya en el escenario del origen de la vida.
En este sentido, la capacidad que manifiestan los priones, de propagación de sus conformaciones proteicas, podría haber sido muy útil durante la etapa de evolución química prebiótica (ver Ogayar, Sánchez-Pérez. Prions: an evolutionary perspective. International Microbiology. Vol.1, number 3. Sep. 1998). Con sólo poner ogayar-prions, sale el artículo completo.
Los estudios cristalográficos de la estructura de las proteínas sugieren que éstas sólo utilizan un número corto de conformaciones de plegamiento. Este número limitado de estructuras terciarias, o módulos proteicos, se eleva sobre un número mucho menor de estructuras secundarias y supersecundarias.
Por el contrario, encontramos una gran explosión de diversidad al analizar las secuencias de las proteínas. No obstante, el examen de los patrones de variabilidad de diversas familias proteicas nos muestra fuertes restricciones estructurales a dicha variabilidad.
Es ampliamente admitido que los segmentos génicos codificadores (exones), sobre los que operan mecanismos de generación de diversidad, se corresponden, básicamente con las unidades estructurales proteicas (módulos proteicos o dominios) seleccionadas a lo largo de la evolución. De hecho, los genes “fundamentales”, que están presentes en los exones de todas las células, debieron establecerse en las primeras etapas de la evolución celular, y siempre respetando las conquistas de los módulos estructurales básicos.

·      Etapas de la evolución proteica

Todos estos datos estructurales nos llevan a pensar que las proteínas pudieron haber evolucionado en dos grandes etapas:
1.   Una primera etapa de evolución prebiótica conformacional donde, a partir de secuencias polipeptídicas formadas al azar, se produce la selección de un número corto de conformaciones (unidades estructurales proteicas), que son las que actualmente encontramos en todas las proteínas.
2.   Una segunda etapa donde la evolución conformacional sigue llevando la batuta pero permitiendo una dimensión de evolución secuencial. En esta etapa, a partir de polipéptidos ya codificados genéticamente –y utilizando los mecanismos de generación de diversidad desplegados en la evolución biológica- se va acumulando una enorme variabilidad en las secuencias de las proteínas, pero siempre condicionada por la continuidad de las conformaciones seleccionadas durante la etapa anterior.

·      Origen del código genético

Durante la larga etapa de evolución química prebiótica  la estructura de las proteínas (en esta etapa, proteinoides) debió moldearse y seleccionarse por interacción directa con el medio. A partir del establecimiento del código genético (origen de las primeras células, y comienzo de la evolución por selección natural), toda modificación adaptativa de las proteínas (de las unidades estructurales seleccionadas en la etapa prebiótica) se produce por el nuevo camino que, paradójicamente, supone tanto estabilidad y conservación como una fuente de variabilidad:
  1. PROTEÍNASàPROTEÍNASàARN (código genético)
  2. ARNàPROTEÍNAS
  3. ADNàARNàPROTEÍNAS
Así pues, parece que en el tránsito de la evolución prebiótica a la evolución biológica por selección natural, el medio pudo pasar, de jugar un papel moldeador directo, a jugar también un papel selector de las variantes proteicas codificadas genéticamente, aunque siga informando (interaccionando instante a instante) y propiciando los cambios conformacionales que están permitidos en el rango de plasticidad de cada proteína.

De este modo, la producción genética de las proteínas -además de garantizar la estabilidad y la conservación conformacional- permite, mediante una exaltación de variabilidad, aumentar el despliegue evolutivo de interacciones específicas proteína proteína y proteína ligando. Esta variabilidad debe evolucionar coherentemente en lo relativo a la especificidad: 

  • Especificidad de especie, de forma que la variabilidad secuencial acumulada permita las interacciones fisiológicas entre las proteínas de la especie a la hora de formar máquinas y rutas de interacción proteicas cada vez más complejas.
  • Especificidad de función, de forma que las funciones celulares más elementales se vayan desdoblando en otras nuevas mediante duplicación genética, que permita la unión específica a nuevos ligandos de forma coherente.

Durante la etapa prebiótica, alguna capacidad para propagar información conformacional proteica por contacto directo, similar a la que actualmente manifiestan los priones, pudo ser fundamental en el camino desde lo inorgánico hacia el mundo de lo vivo. Desde un punto de vista evolutivo, los proteinoides que adquiriesen esta capacidad (a los que en el artículo del 98 denominamos conformones) serían estructuras proteicas seleccionadas, esencialmente, por su capacidad para inducir cambios conformacionales –acordes con su estructura y función (la capacidad de propagación)- en determinados polipéptidos que presenten secuencias compatibles con el cambio.

De esta manera, los conformones actuarían como selectores de los cambios favorables (cambios de especificidad permisivos con las unidades estructurales esenciales o módulos proteicos), favoreciendo su propagación. Es decir, del conjunto de polipéptidos -formados al azar en la sopa primigenia, y compatibles con la capacidad para propagar sus conformaciones, que manifiestan los conformones- se seleccionarían positivamente aquellos que tuviesen sitios activos más adecuados para realizar actividades útiles cada vez más específicas. Pero éstos, aunque resultasen eficaces y duraderos en esta función, no dispondrían de mecanismos de herencia genética, rápidos y precisos, para transmitir estos cambios finos. 
En este punto, sólo mencionar que el paradigma de respuesta adaptativa rápida mejor conocido es el sistema inmunitario, del que ya hemos mencionado someramente los mecanismos de generación de diversidad de los anticuerpos. Más adelante volveremos sobre el tema, mencionando también la producción de anticuerpos catalíticos, donde se muestra la generación de cambios de especificidad y afinidad por los sustratos.

En esta etapa prebiótica se irían acumulando, y asociando, estas estructuras proteicas más eficaces, formando protobiontes con un metabolismo y una capacidad reproductora elementales.
Paradójicamente, a partir del establecimiento del código genético -después de un “mundo de ARN autocatalítico” y un “mundo de proteínas-conformones” coexistiendo y evolucionando independientemente- aparece el nuevo marco de la evolución biológica, en el que las proteínas se sintetizan genéticamente, y los ácidos nucleicos son gobernados por las proteínas para ejercer su función. Conviene señalar que en estos dos “mundos” la información es conformacional: las ribozimas y el ARNt debieron preceder al ARNm, y el primer código genético debió ser conformacional, seleccionado por la actividad aminoacil-ARNt-sintetasa, y no degenerado (como ya vimos en la entrada anterior).

Es obvio que, en algún momento de la evolución prebiótica, se debió establecer una coevolución entre estos dos mundos, en la que las proteínas, dada su mayor potencialidad estructural y funcional, comenzaron a utilizar el ARN (y posteriormente, en la evolución biológica, también el ADN) para garantizar la estabilidad de sus conquistas estructurales y una variabilidad secuencial coherente con ellas. 

Así, a lo largo de la evolución:
  1. Primero se establecería una información conformacional proteínas-ARN.
  2. Posteriormente se incorporaría la primera información secuencial proteínas-ARNm (código genético).
  3. Por último, esta información secuencial se almacenaría en la molécula del ADN.
Como expuse en la entrada anterior, los ácidos nucleicos serían un instrumento de las proteínas y la información secuencial (tan importante como lo es la cultura para los humanos) estaría supeditada a la información conformacional.


Sin plantear siquiera muchos de los aspectos relativos al origen de la vida, que de momento dejamos aparcado, sólo señalar que, en esta coevolución prebiótica, las unidades estructurales proteicas se fueron seleccionando por su capacidad de interaccionar entre ellas, mediante interacciones débiles no covalentes, formando así estructuras más o menos complejas. De igual manera interaccionarían con el ARN formando ribonucleoproteínas, y seleccionando estructuras de uno y otro “mundo” fueron elaborando el código genético

Este proceso permitiría la formación de polipéptidos cada vez mas largos y eficaces. 
El aumento de eficacia vendría dado, entre otras cosas, por la mejora funcional que suponía la transición de una estructura proteica formada por varios péptidos pequeños (unidos por interacciones débiles) a un polipéptido formado por la unión secuencial covalente de éstos. 
Este proceso iría permitiendo la coselección de dominios proteicos (estructurales y funcionales) junto con determinados fragmentos salteados de las cadenas del ARN ambiental, monocatenario y lineal, compatibles con dichos dominios, que, de esta manera, devendrían en exones

Esta conquista evolutiva permitiría la posterior evolución modular. En este sentido, buena parte del denominado ADN basura vendría de entonces.
La paradójica universalidad del código genético, más que revelar un único origen celular procariota (parece absurda una única solución en este nivel de complejidad), revela un origen precelular seleccionado por los módulos proteicos

Antes de abordar la evolución celular, tan solo apuntar que las interacciones conformacionales iniciales en un marco de péptidos pequeños (módulos esenciales que interaccionarían formando complejos puzzles proteicos, anteriores a la aparición de polipéptidos más largos formados genéticamente) podrían estar representadas en la función de reconocimiento antigénico de los linfocitos T, basada en la discriminación entre lo propio y lo ajeno a través de la interacción específica entre el TCR y el complejo proteína del MHC y péptido antigénico (ver Ogayar, A. Presentación antigénica y puzzle conformacional. Una hipótesis (I). Inmunología 1991; 10: 19-23; y (II) 10: 97-103.

Conformones y evolución celular

No obstante la enorme ventaja evolutiva que supuso la aparición del código genético (primero sólo conformacional y luego secuencial-conformacional); para el modelo proteocéntrico, la primacía evolutiva debió seguir en manos de las proteínas y en la continuidad de su información conformacional, desde el origen de la vida a lo largo de toda la evolución biológica. Esta continuidad de información conformacional sería anterior a la continuidad del plasma germinal postulada por August Weissmann, y cuya versión molecular moderna es el denominado “dogma central de la biología molecular”. Sin embargo, no podemos mermar en absoluto la enorme importancia del ADN y el ARN como instrumentos de información y modificación de la síntesis de proteínas. Constituyen una suerte de programa informático, pero no pueden considerarse ni un informático ni un usuario de la informática.

En la continuidad de información conformacional de las proteínas tendrían una gran relevancia, entre otras, dos tipos de proteínas frecuentemente relacionadas en su función:
1.   Las proteínas de choque térmico (HSPs), entre las que se encuentran las proteínas acompañantes o chaperones.
2.   Los priones.

En el artículo anteriormente mencionado (Prions: an evolutionary perspective) se plantean dos posibles marcos teóricos, no del todo incompatibles entre sí, para definir el posible grado de participación de los priones/conformones en la evolución biológica:
  • ·   Los priones como atavismo evolutivo de los conformones ancestrales que, como entidades independientes, coevolucionan con las células (comportándose de forma semejante a los virus).
  • ·     Los conformones como proteínas celulares selectoras y propagadoras  de información conformacional.

Como ya se ha indicado, este segundo marco (que me parece el más plausible) no excluye la posible existencia de priones como entidades relativamente independientes, aunque no vamos a abordar este problema aquí. 

Este marco teórico encuentra apoyo en investigaciones acerca de la utilidad evolutiva de mecanismos moleculares semejantes a los de los priones, en eucariotas inferiores (en levaduras, en el hongo Podospora anserina, y recientemente también en plantas y en la mosca de la fruta, Drosophila melanogaster). Estos mecanismos implicarían la propagación de cambios conformacionales en proteínas, de un modo semejante al postulado en la hipótesis de la proteína sola, para la replicación priónica.

Para la investigadora puntera en este campo, Susan Lindquist, los priones de levaduras se comportan como elementos genéticos heredables: “tanto en los priones de mamíferos como en los de levaduras, la estructura de las proteínas actúa de una manera que se creía exclusiva de los ácidos nucleicos: 
  • En un caso como agentes trasmisibles de enfermedades.
  • En el otro, como determinantes heredables del fenotipo”. 

Es decir, como un virus y como un gen, respectivamente.

Los priones se encuentran en levaduras sanas, y representarían, junto a algunas HSPs, un mecanismo para acumular variantes genéticas, que son suprimibles bajo determinadas circunstancias naturales, para posteriormente poder desplegarlas repentinamente en situaciones de estrés ambiental. En concreto, Hsp90 es un chaperón que actúa como un condensador (capacitor) molecular que permite mantener oculta una determinada cantidad de mutaciones del genoma.

Estos fenómenos proporcionan el primer mecanismo molecular plausible para que una célula responda a su ambiente con un cambio fenotípico heredable. En este sentido, se ha visto que algunas proteínas, incluyendo priones y amiloide, pueden ser plegadas por chaperones en dos isoformas, una de las cuales puede ser capaz de propagar y amplificar su malformación actuando como un molde sobre las isoformas normales.
Así, en la mosca de la fruta, la acumulación de proteínas de tipo priónico podría ayudar a formar o estabilizar la memoria a largo plazo, mediante la creación de grupos de proteínas de larga vida en las sinapsis.

Las últimas investigaciones publicadas (PNAS, 2016 May 24; 113(21):6065-70) por el grupo de S. Lindquist muestran el hallazgo de 500 proteínas en plantas con un comportamiento priónico. Pero no se trata de un fenómeno patológico sino de adaptación al ambiente a largo plazo, mediante la generación de un tipo de memoria conformacional, transmisible de generación en generación, de las condiciones ambientales.
Lindquist opina que estos cambios conformacionales de tipo priónico están conservados evolutivamente y pueden funcionar en una amplia variedad de procesos biológicos normales.
Así, para Lindquist, estos casos proporcionan argumentos convincentes de que la herencia fenotípica puede, a veces, estar basada sobre la herencia de diferentes conformaciones de proteínas más que sobre la herencia de ácidos nucleicos.

Visto el papel fisiológico que tienen tanto el cambio como la propagación de conformaciones de estas proteínas, en células sanas, propuse el ya citado término conformón para denominar a las proteínas que, utilizando estos mecanismos, no tienen un papel infeccioso:
1.   Ni en su posible origen prebiótico.
2.   Ni en su evolución celular.
3.   Ni en su fisiología.
Así, un conformón sería un agente proteico celular capaz de propagar una de sus posibles conformaciones (mediante contacto directo) en otras proteínas compatibles con este cambio. La proteína capaz de sufrir este cambio conformacional puede ser otra conformación distinta  de la misma proteína, u otra estrechamente relacionada, tanto estructural como funcionalmente, en el marco de una respuesta a cambios ambientales.


Origen de la célula eucariota

La Biología actual considera, con pequeñas variantes según autores, que la célula eucariota (literalmente la célula con núcleo verdadero) es posterior y está emparentada con los grupos de células más sencillas (bacterias y arqueas) denominados genéricamente procariotas, por ser células anteriores a la aparición de las células nucleadas. Las células procariotas tampoco tienen sistemas internos membranosos, entre otras cosas diferentes. No pretendo tratar aquí a fondo ninguno de los abordajes posibles de la sistemática celular. Tan sólo plantear una posible solución a la intrincada paradoja que aparece en algunas de esas "otras cosas" que diferencian a las células procariotas de las eucariotas.

Para ver algunas de estas diferencias, en un planteamiento más amplio del problema, recomiendo consultar el magnífico y estimulante libro de Javier Sampedro, “Deconstruyendo a Darwin” (Crítica. Drakontos), del que brevemente resumo aquí lo relativo a esta cuestión.
En este libro nos encontraremos con el enfrentamiento entre dos concepciones acerca del origen de la célula eucariota, y de la evolución en general. Por un lado tenemos la teoría endosimbiótica de Lynn Margulis, y, por el otro, la teoría de los tres dominios (Bacteria, Archaea y Eukarya) de Carl Woese, principalmente.

De la teoría endosimbiótica tenemos la versión más radical de Margulis, donde se afirma que “la fuerza evolutiva que generó a la célula eucariota no fue la selección natural, sino la simbiosis, la suma constructiva de funciones complejas y completas –bacterias enteras de hecho- previamente existentes. Luego está una versión más suavizada, que es la más probada y aceptada por el mundo académico, donde “las mitocondrias y los cloroplastos provienen, por simbiosis, de antiguas bacterias de vida libre”. En esta versión académica se compatibilizarían el gradualismo darwiniano con la simbiosis.
Por su parte Woese, entre otros, analizando ARNr 16S de diferentes estirpes celulares, mantiene que “el cuerpo central de la célula eucariota evolucionó gradualmente a partir de un solo microbio de la familia de las arqueas”.

Sampedro nos cuenta, también, que nuevos métodos en el campo de la evolución molecular, en particular el aplicado por Radhey Gupta, revelan que “de los centenares de genes eucariotas analizados, más o menos la mitad provienen de una antigua arquea. Pero la otra mitad proviene de otra bacteria totalmente distinta, una gram negativa. Estos resultados muestran que la célula eucariota ancestral no se originó directamente de una arquea o de una bacteria, sino que es una quimera formada por la fusión y la integración de los genomas de ambas, arquea y bacteria”.
Pero hay más: “Los datos de Gupta nos revelan….. que muchos genes aportados por la bacteria gram negativa a la fusión inicial están relacionados con el metabolismo,…………Y muchos genes aportados por la arquea están relacionados con el procesamiento de la información genética (replicación, transcripción y traducción)”.
“….la célula eucariota se formó una sola vez…., todos los eucariotas provenimos de la misma célula eucariota original”.
En otro capítulo de su libro, Sampedro apunta algunas limitaciones de la teoría de Margulis “basándose en tres desconcertantes misterios revelados por la biología molecular”.

·      Misterio 1. El splicing
Aquí se plantea la hipótesis de Doolittle y Gilbert de “que cada exón, es decir, cada segmento de gen comprendido entre dos intrones, corresponde a un segmento especializado de las proteínas” “¿Qué mejor forma de evolucionar que barajando de vez en cuando los exones, obteniendo así nuevas proteínas, nuevas combinaciones de viejos módulos, nuevos dispositivos biológicos formados sin necesidad de empezar desde cero todo el trabajo de diseño? La maquinaria del splicing (el spliceosoma) se encargaría luego de eliminar el chapucero intrón y pegar los dos exones vecinos en un gen por primera vez en la historia…, es muy parecido en todos los eucariotas, y es obvio por ello que debió inventarse antes de que los protistas, los hongos, los animales y las plantas emprendieran sus caminos evolutivos en solitario. Pero ningún procariota conocido tiene nada parecido a un spliceosoma. El splicing no parece provenir ni de una molesta chapuza añadida secundariamente al esencial dispositivo de la transcripción, ni de un inevitable accidente al que la evolución encontró después la utilidad de la evolucionabilidad: el splicing está integrado hasta el cuello en el mismísimo centro lógico de la factoría para leer genes que utilizan todas las especies de protistas, hongos, plantas y animales, seguramente desde la mismísima invención de la célula eucariota. Al menos en este caso, la evolucionabilidad es una propiedad de un sistema complejo, inventado una sola vez en la historia, sin formas transitorias obvias, integrado en el mismísimo epicentro de una factoría esencial del núcleo eucariota, y que ha permanecido esencialmente íntegro desde su aparición”. Todos estos hechos ponen en dificultad la teoría de Margulis.

·      Misterio 2. El cronocito
Aquí Sampedro analiza que, según la teoría de Margulis, “los genes compartidos por los cuatro reinos eucariotas debían estar ya presentes en el ancestro común de todos ellos, y cabría esperar que hubieran sido aportados bien por la arquea, bien por la bacteria”. De la comparación de genomas de bacterias, arqueas y eucariotas (Hartman y Fedorov, 2002), surge que “347 genes del genoma fundamental eucariota no tienen equivalentes en los grupos procariotas”.
El problema mayor viene cuando se averigua que estos “347 genes son los necesarios para construir las tres marcas de fábrica eucariotas (la endocitosis, el sistema de transducción de señales y la factoría del núcleo)”. 
Sampedro concluye: “Si la célula eucariota se formó por simbiosis, ¿cómo se traga que la esencia de la eucariotez haya conseguido escapar tan nítidamente del mecanismo simbiótico que dio origen a la mismísima eucariotez? No tiene sentido, y para mi es obvio que se nos está escapando algo muy fundamental”.
La solución propuesta por Hartman y Fedorov es que estos 347 genes fueron aportados, a la simbiosis, por una tercera célula denominada por ellos cronocito.
A Sampedro le parece “una hipótesis muy traída por los pelos,…., y del cronocito nadie tiene la menor noticia”.

·      Misterio 3. Las máquinas
“Del análisis de 1400 genes de la levadura Saccharomyces cerevisiae, se encontró que las 1400 proteínas fabricadas por ellos no vagan en solitario por la célula, sino que todas están formando parte de máquinas multiproteicas…, y la mitad de las máquinas están implicadas en la manipulación y utilización del material genético”. 
“Pero las redes de interacciones no se limitan a los componentes de una máquina. Hay numerosas proteínas que pertenecen a varias máquinas a la vez. La gran mayoría de las máquinas están asociadas entre sí, directa o indirectamente, a través de proteínas comunes…, toda la célula es una sola máquina”.
Según Luis Serrano, “cada proteína está implicada en tantas interacciones con las otras proteínas de la máquina, o con las proteínas de otras máquinas, que prácticamente no queda sitio disponible en la superficie de la proteína para añadir nuevos componentes”.
“En el seno de una máquina multiproteica, las lentas variaciones neodarwinianas de una proteína no tienen más remedio que venir compensadas por alteraciones en la proteína de al lado, de modo que la interacción entre las dos proteínas se mantenga y la máquina no se deshaga en pedazos. Si todas las células eucariotas están basadas en máquinas multiproteicas complejas, y si esas máquinas son en gran medida las mismas en todas las especies animales, lo más probable es que la materia prima de la innovación evolutiva no sea el gen, en su constante fluir acumulativo de cambios de aminoácidos, sino la máquina en su conjunto, que puede ser reclutada como tal en un nuevo lugar, tiempo o situación, tal vez mediante la mera sustitución de uno de sus componentes”.

Ø Hipótesis del Protocarionte

Después de este sugerente planteamiento del problema acerca del surgimiento de la célula eucariota, tomado del libro de Sampedro -del que tengo que elogiar la honradez intelectual de intentar entender todos los cabos sueltos, sin otros compromisos o ataduras- me propongo enunciar una posible hipótesis alternativa, radicalmente distinta de las actuales, coherente con mis planteamientos anteriores relativos a la primacía de la información conformacional, y que pueda dar alguna explicación a los misterios arriba expuestos. 

Se trata de una hipótesis muy revolucionaria, un arriesgado giro copernicano, donde el ancestro de los eucariotas fuese la primera célula en surgir (anterior a los procariotas), y con un particular sistema de evolucionabilidad (aumento sin dirección ni propósito alguno de la capacidad de evolucionar). Esta célula primitiva sería básicamente un núcleo, por lo que podría denominarse protocarionte o protocariota, y las bacterias y las arqueas serían producidas por ella a modo de semillas de evolucionabilidad. De este manera, al no ser células previas en la evolución a la aparición del núcleo genuino sería mejor denominarlas acariotas.

Así, en esta hipótesis, que podemos bautizar como hipótesis del protocarionte, los acariotas (bacterias y arqueas) se irían formando, a lo largo de millones de años de evolución, como organismos mínimos (semillas de evolucionabilidad) a partir de la actividad de splicing del spliceosoma primigenio, y del resto de la factoría del núcleo. Todo este proceso se desplegaría de manera coherente con la información conformacional seleccionada desde la etapa prebiótica.
Otras semillas de evolucionabilidad, formadas de forma semejante, serían los virus, los cuales, desde su origen, son específicos de cada tipo de células y coevolucionan con ellas.

Evolución exógena del metabolismo energético

Quizá la principal ventaja evolutiva de todo esto pudo ser la exaltación de mecanismos de evolución horizontal, exógena al protocarionte.
Esto implicaría que las actividades y funciones celulares pudieron evolucionar, en una primera etapa, por separado, pero coevolucionando con cierta autonomía: multiplicación de proteínas y metabolismo elemental; tomándolo todo (aminoácidos, nucleótidos y otros metabolitos) de la sopa primigenia. Hay que tener en cuenta que arrancábamos de una etapa prebiótica con un “metabolismo inorgánico” (con actividad catalítica mineral en el seno de arcillas) pero cada vez más organizado por actividad enzimática protobióntica inicial, seleccionada por los conformones.

La actividad protobióntica esencial, de la que surgieron los protocariotas, debió consistir en la organización de la maquinaria de síntesis y reordenación de las proteínas con el establecimiento del código genético y el splicing. En este periodo se debieron seleccionar los módulos conformacionales esenciales, por su capacidad para interaccionar entre sí y manejar el metabolismo, nucleótidos inclusive.
Una vez seleccionadas conformaciones proteicas y código genético (el primordio de la factoría del núcleo), los protocariotas pudieron formar, al azar, “yemas”, algunas de las cuales portasen un equipamiento enzimático fundamental capaz de realizar un metabolismo básico. Estas yemas con estructura acariota canalizarían internamente, con mayor o menor eficacia a lo largo de la evolución, el metabolismo inorgánico del exterior, interiorizando progresivamente la sopa.

Los eucariotas se formaron seleccionando exocitosis y endocitosis

Por su parte, los precursores protocariotas más eficaces serían los que comenzaran una actividad fagocítica cada vez más específica, de la que dependería su nutrición, ya que la sopa se iría esquilmando, y su metabolismo sería bastante más elemental que el desarrollado por las semillas de evolucionabilidad (conquistando ambientes muy diversos). Naturalmente esta especificidad estaría basada en la interacción entre proteínas de las membranas de los protocariotas y de los acariotas.
Así, durante este largo periodo, la selección natural favorecería la capacidad de los protocariotas para:
1)   Producir exomódulos acariotas con un metabolismo cada vez más eficaz que interiorizara los metabolitos más apropiados y los transformara convenientemente. Esto sería una especie de cultivo celular.
2)  Fagocitar los exomódulos con especificidad creciente, y seleccionarlos por su eficacia, desarrollando así un sistema de transducción de señales.
3) Desarrollar los mecanismos genéticos que exaltasen la variabilidad y especificidad: virus, elementos genéticos móviles y otros mecanismos de herencia genética horizontal.

En algún momento, tanto los acariotas como los virus seleccionados emprendieron una evolución relativamente independiente.
En cualquier caso, tras un largo proceso de evolución conjunta, la expansión eucariota no se debió producir antes del aumento significativo de oxígeno en la atmósfera, que permitiera la formación de la capa de ozono y la consiguiente salida de las células eucariotas de sus escondrijos.

La naturaleza de la célula eucariota a la luz de su origen

De esta manera, paulatinamente, se iría formando y seleccionando una célula eucariota única, a partir de la selección e incorporación de los exomódulos más eficaces -ya que los protocariotas constituirían el único vórtice de esta selección- y, al mismo tiempo, una auténtica explosión de diversidad acariota (bacterias y arqueas) emparentadas por su origen y evolución desde los protocariotas.
Así pues, el metabolismo energético se desarrollaría desde las células acariotas, exocitadas y endocitadas por las protocariotas. Sería un metabolismo externo al protocariota y realizado en el acariota con las proteínas que, al menos inicialmente, le proporcionara el protocariota. La exportación tendría como ventaja inicial la selección exterior, en ambientes muy diversos, de los tipos más ventajosos, y que esto fuese más fácil que el desarrollo interno de un complejo sistema integrado.

Esta actividad primitiva del protocariota es la base de la fisiología celular de todos los eucariotas actuales: del núcleo a la membrana plasmática y de la membrana plasmática al núcleo, integrando los tres sistemas exclusivos de las células eucariotas:
1.   La factoría del núcleo, con el spliceosoma incluido, que conlleva asociados la síntesis y procesamiento de las proteínas.
2.   El sistema de exocitosis y endocitosis.
3.   El sistema de transducción de señales.